公司下设行政管理部、计划财务部、党群工作部、生产管理部、市场营销部、证券投资部、种业研发部、内部审计部等八个职能部门，下辖阿拉尔良种繁育场、阿拉尔分公司、巴州分公司、精细化工分公司、湖北分公司等五个分公司，并拥有两个控股子公司——新疆塔里木河红源贸易有限公司、新疆塔里木河大红园林有限公司。截止2006年6月，公司共建营销网点302家，遍及南疆的喀什、和田、哈密、库尔勒地区，及阿克苏地区八县一市。

　　公司以各类农作物种子的培育、生产及销售，农副产品深加工及销售、农牧高新技术产品的开发，进出口业务为经营范围。坚持“立足南疆、开拓西北、辐射全国、走向世界”的发展战略，以发展为主题，以结构调整为主线，以市场为导向，以科技进步为动力，实现种子科研、良繁、扩繁、加工、销售一体化经营，用科学技术和科学规范的管理提升产品附加值，充分发挥新疆丰富的种质资源优势，走贸工农一体化的道路。同时，打开上市融资的渠道，以资本为纽带铸造西部乃至全国的种业龙头企业，加快形成特色种子生产的规模化、产业化发展，为开发西部、繁荣新疆经济做出贡献，以企业利润最大化回报股东，以社会效益最大化回报社会。

　　公司现在册职工478人，其中：中高级以上职称40人，大学专科以上文化程度66人。2003年，公司经中国农业银行阿克苏兵团支行信用等级评定，认定为“AAA级企业”；同年公司通过了ISO9001—2000质量管理体系认证；并被评为国家“三农”工作典范入编单位及新疆生产建设兵团“农业产业化重点龙头企业”，2004年公司被国农授予“农业产业化国家重点龙头企业”称号。